Nejprve je třeba nastavit EET v aplikaci Plant-IS. V tomto kroku se do aplikace vloží certifikát(y), nastaví heslo, číslo provozovny apod. Po nastavení se při tvorbě hotovostních dokladů a příjmových pokladních dokladů automaticky odesílají datové zprávy EET. Pokud by při odesílání došlo k výpadku, je možné neodeslané datové zprávy znovu odeslat “ručně” v nabídce Soubor, Správa dat.

Pro automatické znovu-odeslání zpráv, které se neodeslaly rovnou, je možné využít službu, která běží na serveru a odesílání hlídá automaticky. Službu je třeba správně nakonfigurovat a přinejmenším zpočátku je vhodné kontrolovat protokol, do kterého služba zapisuje provedené operace.